От шизофрении шизоаффективный психоз отличается отсутствием прогредиентности (тенденции к прогрессированию), относительной сохранностью личности, благоприятным прогнозом и кататимностью психотических симптомов (их согласованностью с аффективными расстройствами).

От биполярного аффективного расстройства (БАР) шизоаффективный психоз отличается наличием специфических для шизофрении нарушений мышления, восприятия, эмоций, воли, памяти и внимания.